Nach seiner Emeritierung von Harvard arbeitete er am American Enterprise Institute in Washington, D.C.

Geprägt durch seine Studien im Mises-Seminar spezialisierte sich Gottfried von Haberler schon früh auf die Theorie des freien internationalen Handels. Als junger Wissenschaftler ging er zum Völkerbund nach Genf und folgte dann dem Ruf an die Harvard University, wo er wieder mit Schumpeter zusammentraf und von 1936 an bis zu seiner Emeritierung erfolgreich lehrte. Seine Arbeiten konzentrierten sich auf die Wirkungen interventionistischer Wirtschaftspolitik.

Haberlers Buch Der internationale Handel. Theorie der weltwirtschaftlichen Zusammenhänge, sowie Darstellung und Analyse über Aussenhandelspolitik (1933) wurde zum Standardwerk der Freihandels-theorie. Viele seiner Ideen wurden seit damals über die berühmten GATT Abkommen implementiert.